La bioinformática es la aplicación de tecnologías computacionales a la gestión y al análisis de datos biológicos. En la actualidad, los datos recolectados de los experimentos biológicos son guardados en grandes bases de datos. Estos datos están relacionados con un dominio del problema, en el cual es necesario definir los conceptos principales y las relaciones entre ellos. La organización de dichos conceptos se realiza mediante el diseño de ontologías. La herramienta OBO-Edit es una de las más usadas para la visualización y edición de ontologías. Su desarrollo en Berkeley Informatics a través de Gene Ontology Consortium consideró las necesidades de diseño dentro del ámbito biológico: complejidad de los datos, necesidades simples de razonamiento rápido, potencia de búsqueda, posibilidad de filtrado. Una de las funcionalidades principales que posee OBO-Edit es poder obtener subontologías para aquellos casos en donde se necesiten realizar estudios exhaustivos sólo en partes de las ontologías. En este trabajo nos centramos en el filtrado como el proceso para hacer posible la división del complejo problema biológico en subproblemas. Debemos notar que el proceso de filtrado dentro de los problemas biológicos implica considerar por un lado el filtrado de conceptos (filtrado sobre el esquema ontológico) y por el otro, el filtrado de los datos asociados a dichos conceptos (filtrado en bases de datos). Los especialistas son los encargados de seleccionar las subontologías con las que trabajar y filtrar las bases de datos para obtener los datos que se corresponden con dichas subontologías. Este proceso de filtrado es complejo y requiere de etapas manuales. Una etapa requiere filtrar las ontologías y, otra, las bases de datos. Este problema nos motiva a poder brindar una solución a la simplificación y automatización del proceso de filtrado, haciendo más sencilla la tarea de los biólogos. Con este fin, proponemos la automatización de estos dos procesos de filtrado en un proceso único y transparente que permita manipular de forma simple tanto las ontologías como las bases de datos.